一周目通關後讀取存檔就進入二周目，開始地點是自家門前。這時大木博士會跑過來詢問圖鑒收集情況，要是已捕捉的怪獸達到了60種的話，他就會幫主角升級全國圖鑒。如果還沒達到的話，先去抓夠60種再來找博士吧。

抓到60種怪獸後去博士的研究所找他升級圖鑒。這之後再去精靈聯盟，就會被告知冰係天王有事出去了，暫時不能挑戰四大天王了。

從枯葉市坐船來到1島，和島上網絡中心裏的NPC對話，得知新係統的運行還需要一塊紅寶石。如果在碼頭橋上向下衝浪的話會到達珍寶海濱，使用探測器能發現不少道具。

從1島往右衝浪，踏上光輝之路。往上走會發現一個山洞，進去是燈火溫泉，在這裏能回複PM狀態。和上麵的一個老爺爺對話，他會給主角HM06碎岩。

繼續往上走，使用衝浪後到達燈火山。上到山腰後在左麵進入山洞，一直往上走，走到頂層後推開石頭可以遇見火焰鳥，盡力收服吧。

下山後在山腳往右走，能看見兩個火箭隊小兵在把守一個洞穴。擊敗他們後進入洞穴，在最深處發現紅寶石。

回到網絡中心把紅寶石給NPC，他會再拜托主角尋找藍寶石，並且給了主角7島的船票，同時地圖也更新了。之後就可以在7島間暢行無阻了。