飛行係道館通過後,在121號道路會遇到火岩隊的人,來到水靜市後發現城市已經被水艦隊占領。到凱那市,在上方的船廠裏發現潛水艇被水艦隊盜走。飛回水靜市,在右上方的水域裏可進入水艦隊的秘密基地,在深處發現水艦隊的首領已坐著潛水艇逃走。到超能道館,打敗館主,再打敗熔岩隊,得到潛水術,離開綠嶺市,在127號水路使用潛水,在水中一直往下走,進入一個洞窟,發現潛水艇就在這裏。
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通關後,你會回到家裏。爸爸會給你一張船票,以後就可以去卡依市或者阿田市坐船了。之後看電視,上麵說有不明精靈在芳園地區飛行,媽媽問你是藍水督還是紅水督,你選擇哪隻,以後就會遇到哪隻水督。走出屋子,博士會幫你把圖鑒升級為386版,之後在芳園地區就可以抓到金銀版的精靈了。

坐船來到戰鬥樂園,這裏是以前戰鬥塔的所在地,現已改建為更大的對戰地區……這裏有7種對戰設施,暫時不一一作介紹。在樂園的最右邊,會看到一個奇怪的樹,對著它使用肥波鯨噴壺,就會出現騙人樹,40級。收服騙人樹後,在它擋住的地方使用衝浪,一直往左走可進入一個洞窟,在裏麵有大量的畫畫犬。

暫時離開戰鬥樂園,在119號道路的氣象台所長那裏得知,某號道路(隨機變化)的天氣有異常狀態,之後立即到那條道路。如果那裏是出大太陽,則要尋找一個山洞,古拉頓在裏麵;如果那裏下大雨,則要尋找一小塊可以潛水的水域,裏麵呆著海皇牙。兩隻神獸各70級。

去天柱,2樓需要用快速自行車衝過去(3格加速)。在樓頂有70級的天空之龍。

看過電視後,在芳園地區的某條道路會隨機出現紅/藍水督,40級。

三神柱事件:

先去134路,和RS裏一樣,到一塊在急流裏可以潛水的地方,到洞底,閱讀牆上的文字,再使用挖洞(DIG),門會打開。進門,閱讀文字,把321號放在第一位,把369號放在最後再讀一遍,會發生地震,所有神柱的門會打開。

1.岩(377):
他的洞在沙漠南邊,到了以後,閱讀牆上的文字,然後向左走兩步,向下走兩步,使用碎石(ROCK SMASH)門會開,等級是40
2.冰(378):
他的洞在105路上,到了那裏後,閱讀文字,然後順時針圍繞洞跑一圈(一定要靠牆)跑完後,門就會開,40級
3.鋼(379):
最後的洞在120路上,找到後,讀牆上的文字,走到房間中間,使用閃光門就會開,40級

當你收集了100種PM時,博士會給你以下三隻精靈的其中一隻:
NO.153 小花獸
NO.155 火嵐獸
NO.158 小鱷魚