奧德博士改成小田卷博士了，選性別取名字。調表，下樓。來到隔壁鄰居家，研究怪獸球，對手小遙出現。暖暖豬，技能：撞擊，叫聲；藤葉蛇，技能：撞擊，瞪眼；球海獺，技能：撞擊，搖尾。對方是Lv.2的蛇紋熊，輕鬆搞定回到研究所，得到精靈，對話後去尋找小遙。向上走在幻影之森找到小遙，對話後佐羅亞出現，打敗後加入隊伍。
《口袋妖怪：漆黑的魅影》5.0版本中，一上來就是小田卷博士與我們對話，根據引導設定好自己的性別以及名字，然後劇情是玩家扮演的主角陷入了莫名的沉睡，目前是在進行引導主角醒過來的實驗中。
在小田卷博士的引導下正式開始黑魅之旅，選好性別、名字，首發場景是小田卷的研究所，主角和女主都陷入了不明原因的沉睡。阿克羅瑪說要用奇怪的裝置引導主角清醒過來。漆黑創世傳說，包含了一二三周目地區的預告。然後是主角的夢境裏，選擇最上方的紅色大門，其他兩個進不去。回到了卡車內，這是主角來到芳緣的第一天。
下車，媽媽來打招呼，然後是上樓，調時間。調好後媽媽會過來對話，可以從電腦裏拿出一個傷藥。依然看不到爸爸的鏡頭，媽媽說要你去找小田卷博士，博士不在家，先去拜訪一下鄰居。去二樓調戲下小遙，就出門吧。向上走，發現小田卷博士再次被追了。
選初始精靈，回到研究所裏，從博士那裏拿到精靈後答應去找小遙。向上穿過101號道路，來到古辰鎮，在店員那裏拿到一個傷藥，繼續向上，在幻影之森找到索羅亞變成的小遙。被識破後進入戰鬥，戰鬥勝利後得到Lv.5索羅亞。小遙表示要跟主角在103號道路比試，在下方路口找到小遙，對話進入戰鬥，勝利後得到小遙的半個愛心球。原路回到研究所，得到精靈圖鑒和精靈球*5。
