先是流星瀑布最深處代後的劇情（他家裏會給鐵啞鈴），之後吉拉奇劇情（超能道館那個市的許願石，需要觸發劇情），這個劇情後的迪奧西斯火箭墜落劇情（火箭發射基地與高層對話觸發），南島水都劇情（南島船票），調查凹凸島（金銀的劇情要凹凸島船票），戰鬥區開放---胡說樹定點捕捉。
另外，新版綠寶石（國人改版）會有翻轉世界（黑白裏的）劇情，神柱王劇情，創世神劇情，流星瀑布的珍珠鑽石兩神獸劇情，廢棄船黑暗路基亞劇情。
口袋妖怪綠寶石二周目坐船會卡
通關後內容
通關後，玩家會回到家裏。爸爸會給玩家一張船票，以後就可以去凱那市或者水靜市坐船了。之後看電視，上麵說有不明精靈在豐緣地區飛行，媽媽問玩家是拉帝歐斯還是拉帝亞斯，玩家選擇哪隻，以後就會遇到哪隻水都。走出屋子，博士會幫玩家把圖鑒升級為386版，之後在狩獵區就可以抓到金銀版的精靈了。 坐船來到對戰開拓區，這裏是以前紅、藍寶石中戰鬥塔的所在地，現已改建為更大的對戰地區，這裏有7種對戰設施，暫時不一一作介紹。在對戰開拓區的最右邊，會看到一個奇怪的樹，對著它使用吼吼鯨噴壺，就會出現胡說樹，40級。收服胡說樹後，在它擋住的地方使用衝浪，一直往左走可進入一個洞窟，在裏麵有大量的圖圖犬。 暫時離開對戰開拓區，在119號道路的氣象台所長那裏得知，某號道路（隨機變化）的天氣有異常狀態，之後立即到那條道路。如果那裏是出大太陽，則要尋找一個山洞，固拉多在裏麵；如果那裏下大雨，則要尋找一小塊可以潛水的水域，裏麵呆著蓋歐卡。兩隻神獸各70級。 看過電視後，在豐緣地區的某條道路會隨機出現拉帝歐斯/拉帝亞斯，40級。
1.12 三神柱事件
先去134路，到一塊在急流裏可以潛水的地方，到洞底，閱讀牆上的文字，再使用挖洞（DIG），門會打開。進門，閱讀文字，把321號放在第一位，把369號放在最後再讀一遍，會發生地震，所有神柱的門會打開。 1.雷吉洛克（377）： 他的洞在沙漠南邊，到了以後，閱讀牆上的文字，然後向左走兩步，向下走兩步，使用碎石（ROCK SMASH）門會開，40級 2.雷吉艾斯（378）： 他的洞在105路上，到了那裏後，閱讀文字，然後順時針圍繞洞跑一圈（一定要靠牆）跑完後，門就會開，40級 3.雷吉斯奇魯（379）： 最後的洞在120路上，找到後，讀牆上的文字，走到房間中間，使用閃光門就會開，40級 當玩家收集了豐緣地區的所有PM圖鑒時，博士會給玩家以下三隻精靈的其中一隻： NO.153 菊草葉 NO.155 火球鼠 NO.158 小鋸鱷
差不多了，如有不足，就說一聲，我會及時補充
